复旦学报（自然科学版）起源于1915年创办的《复旦杂志》（The Fuh-Tan Journal》，第2～6期的封面刊名题写人分别为于右任、梁启超、唐绍仪、徐谦、孙洪伊。早期的的编辑人员有罗加伦、程天放、吴南轩、郭任远等。第1～7期分别于1915年12月、1916年6月、1917年1月、1917年7月、1918年1月、1918年7月、1918年12月出版。1919年没有出刊，1920年刊名改为《复旦季刊》，内容包括学术论文与文艺作品两类，以后又分别出版文史哲号、科学号等。1945年后停刊。解放后，学校于1954年8月30日成立“复旦大学学报编委会”， 1955年4月1日正式创刊《复旦学报（自然科学）》，1961年没有出刊，1962年改名为《复旦大学学报（自然科学）》，1967～1972年停刊。1973年复刊并变更名称为《复旦学报（自然科学版）》，编辑者为复旦大学自然科学学术研究委员会。从1974年起由不定期刊物改为季刊，每年出版4期，逢3、6、9、12月的25日出版。从1994年起由季刊改为双月刊，每年出版6期，逢双月25日出版。在原有中文摘要、正文、参考文献、英文摘要等基础上，增加图题、表题的英文对照。目前本刊为中文刊物，国际刊号为ISSN 0427-7104；国内统一刊号为CN31-1330/N.